通过院长的叙述我们才意识到我们一直误解了一个画面，那晚在院长室的的确是院长，但他并不是在猥亵蓓蓓，而是在安抚和忏悔
整件事要从院长的故事说起。
院长叫吕建军，当年下乡当过知青，在那段时期内他认识了一个纯朴的乡下姑娘，这姑娘被院长的书卷气吸引爱上了他，院长那时觉得回城无望抱负无法施展，志向都被消磨了，于是就跟这姑娘走到了一起。
院长本以为他这辈子会在那里扎根。哪知道传来恢复高考的消息后，燃起了他重新回城的念头。
因为刚结婚没多久，两人还没孩子，院长考虑了很久痛下决心要走，他不能就这样把自己置身在一个山沟沟里磨灭了志向，也无法将自己的一辈子就这样耗在一个没有共同语言和见识的乡下姑娘身上。
就这样院长离开了，那姑娘非常爱院长，院长走后她终日以泪洗面，不久便思念成疾发了疯，院长并不知道他走的时候这姑娘已经怀了他的孩子了。
疯女人生下了孩子后便离开了人世。他的孩子因此被送进了福利院，这孩子遗传到了院长的聪明天赋，从小就展露出了与众不同的才华，很快就被看中领养了。
十几二十年过去了，这孩子成了一名血液科医生，他回乡寻根，从知情人嘴里知道了当年的事，他来到母亲的荒坟堆前痛苦哭泣，发誓要找到那个负心男人报复他。
这孩子便是石天明了。
也许是命运的捉弄，两人在不知情的情况下认识了，那个时候院长还兼任着某所医学院的教授，石天明那个时候一边实习一边去听课，因为聪明过人，在医学上很有天赋，院长仿佛看到了自己当年的影子，他很喜欢石天明，石天明也因此成了院长的得意门生，还将他介绍进了自己工的医院。
石天明进了河塘人民医院后很快就成了骨干，跟院长的交流更多了，在一次交流中石天明无意中透露了自己的身世，院长听后很吃惊，不动声色的细细打量石天明，发现他眉宇之间的神情确实有那个乡下姑娘的影子，他简直不敢相信眼前的事。
为了确定自己的判断，院长做了两件事，一件事就是回到当年下乡的地方打听，结果打听到了那姑娘在自己走后发疯怀孕的事，第二件事就是悄然拿了石天明的毛发去做亲子鉴定，结果可想而知，石天明就是他的亲生儿子
院长知道这事后并没有马上说破这层关系，而是以师父的身份给了石天明更多的照顾，希望以此来弥补当年自己犯下的过错，等待合适的时候在挑明。
然而命运再次跟院长开了个天大的玩笑，他发现石天明不断在一些小手术上犯错，而石天明却毫不知情。院长只好暗中替他隐瞒过错，还暗示他是不是压力太大导致的。
石天明是个聪明人听懂了院长的意思，为了弥补过错，他一心扑在实验室，不断用人形道具做手术，没日没夜的做，但他始终找不到真正手术室的氛围和感觉。
见石天明这么想弥补过错，又醉心于医学研究，当时又恰逢医院改造老院被弃用，院长就把一层的手术室交给了石光明为独立的实验室，后来要拆迁了，石光明说他对老院手术室有了感觉，不想挪地方。
院长为了弥补这个儿子，对他提出的要求基本都会答应，思前想后便决定留下这层手术室。他暗中打点建筑公司，将新的实验大楼位置进行了改变，留下了老院手术室。
医院上头毕竟还有卫生局盯着，为了隐瞒院长就让人改造成了一个地下手术室。
院长本以为这有助于儿子事业的发展，哪知石天明越来越魔障了，简直就像发了疯，居然想出拿真人做实验的想法，还挑选了无父无母的白血病孤儿为实验对象，他觉得这样的孩子没家人又快死了，何不用来做实验给医学做贡献。
这个孤儿就是许蓓蓓了。
起初院长并不知情，但有一次他深夜到医院来探望儿子，终于发现了这个秘密，当他看到躺在手术台上已经被麻醉的毫无意识的许蓓蓓，跟石天明爆发了激烈的争执和冲突，院长终于意识到石天明是真的疯了
直到这时院长才想到了一个问题，当年那个乡下姑娘发疯并不是受刺激这么简单，经过调查他发现，那个姑娘祖上三代都有遗传性的精神病，石天明这是发病了
院长做了很久的思想斗争，他想把这事通报出去，但到了这时候已经太晚了，这么做的话不光自己现有的家庭会出现问题，自己多年建立起来的名声和地位不保，甚至两父子还要面临坐牢，在权衡利弊后他做了一个痛苦的决定。就是牺牲许蓓蓓来保全自己一家人
于是每当石天明拿许蓓蓓做实验后，院长就会带着许蓓蓓去自己的办公室哄她一番，许蓓蓓当时那么小，根本没有意识到自己身上一个又一个的伤口是怎么回事，她觉得是医生在给自己做手术治病。她信任石天明。
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